Фауна Сокотры столь же разнообразна и очаровательна, как и флора острова. Среди птиц остров Сокотра является родиной для 180 разновидностей птиц, 6 разновидностей из которых являются эндемичными (сокотранский воробей, сокотранский скворец, солнечная сокотранская птица, певчая птица Сокотры и другие). Также 14 подразновидностей ограничены только островом Сокотра, и более чем 45 разновидностей птиц мигрируют на Сокроту, такие как фламинго, белые цапли, рифовые чайки, и т.д. И самая высокая плотность в мире египетского стервятника также зарегистрирована на острове.

Есть 190 разновидностей бабочек и большое количество эндемиков. Фауна рептилий и насекомых – также очень разнообразна, более 600 разновидностей насекомых с 90 % эндемиков. Рептильная фауна также очень богата с 19 эндемичных из 22 разновидностей рептилий на Сокотре. Козы, карканья, ослы, и верблюды распространены также на острове. Летучие мыши и местная разновидность кошек – единственные эндемичные разновидности млекопитающих на острове.

Морская фауна Сокотры также достаточно богатая, представляя собой своего рода симбиоз разновидностей из различных биологических областей – западной части Индийского океана, Красного моря, Восточноафриканских вод и Индийского и Tихого океана. Несмотря на то, что архипелаг небольшой по размерам, Сокотра является родиной для более чем 680 разновидностей рыб, сопоставимых с теми, что обитают в Красном море, и приблизительно 230 разновидностей твердых кораллов (пять эндемиков), и 30 разновидностей мягких кораллов.

Также на Сокотре обитает 300 разновидностей ракообразных (девять эндемиков), 490 разновидностей моллюсков, и 230 разновидностей морских водорослей. Морские черепахи также гнездятся на севере острова, но есть потребность в большем количестве работы для сохранения местной фауны. Местный пресноводный краб, Potamon socotrensis, распространен во временных потоках. Вообще пресноводные среды обитания острова были немного изучены, и все еще не ясно, есть ли местные пресноводные рыбы, живущие в этих водоемах. Среди насекомых, как не удивительно, можно найти много форм с уменьшенными крыльями, что уменьшает вероятность того, что они будут унесены ветрами с острова.