Фитогеографически ученые считают Сокотру центром эндемизма в пределах регионального центра эндемизма Сомали-Масаи. Изменения в локальном микроклимате привели к возникновению широкой мозаики растительных сообществ на острове.

Прибрежные равнины и низкие внутренние холмы покрыты открытыми насаждениями лиственных кустарников, в частности, местной разновидности Croton socotranus и отдельных деревьев разновидности молочая – Euphorbia arbuscula, Dendrosicyos socotranus, и Ziziphus spina-christi. Травы появляются после дождей. Наиболее широко распространенный тип растительности на Сокотре – разновидности открытых кустарниковых зон, найденных на прибрежных предгорьях и откосах известняка. Два эндемика, Croton socotranus и Jatropha unicostata, являются главными кустарниками, которые встречаются на Сокотре.

Суккулентные деревья, такие как Euphorbia arbuscula, Dracaena socotranus, и Adenium obesum spp. sokotranum и эмергентные деревья, такие как Boswellia spp., Sterculia africana var. socotrana, и Commiphora spp. также присутствуют. На известняковых плато и до середины склонов гор Хагьер можно встретить области полулиственных растений, таких как Rhus thyrsiflora, Buxus hildebrandtii, Carphalea obovata, и Croton spp. На более высоких гористых склонах можно встретить мозаику плотных рощ Rhus thyrsiflora, Cephalocroton socotranus, и Allophylus rhoidiphyllus с драконовым деревом на эмергентной стадии (Dracaena cinnabari), кустарники Hypericum, и во многих областях расположены антропогенные пастбища.

Открытые скалы покрыты лишайниками и низкорослыми растениями, включая монотипичный эндемичный род Umbelliferae (Nirarathamnos asarifolius) и несколько местных разновидностей Helichrysum.